支付宝股权结构图：

支付宝的股权转让已尘埃落定，然而，由此导致的后续影响还未显露出来，其中，税务问题就是其留下的一个大“尾巴”。支付宝股权在2009年6月和2010年8月的两次股权转让均以注册资本转让，其时浙江阿里巴巴尚为阿里巴巴集团的可变利益实体（VIE），所以各方对这种低价转让以规避企业所得税的做法心照不宣。

按照国内的税法规定（国税函2009年698号文），非居民企业向其关联方转让中国居民企业股权，其转让价格不符合独立交易原则而减少应纳税所得额的，税务机关有权按照合理方法进行调整。表面上看，Alipay应为非居民企业（取决于税务机关的认定），其向关联方浙江阿里巴巴转让支付宝股权的作价无疑应遵循独立交易原则，按照公允价值来确定股权转让所得，缴纳企业所得税。而目前其以成本价转让的做法明显规避了所得税支出，所有人都清楚，支付宝的价值远远不止股东投入的成本价（注册资本）。这种潜在的税务风险对于Alipay及其母公司-阿里巴巴集团而言是显而易见的。

普华永道深圳税务部的税务经理吴煜英表示，企业间的股权转让作价均需遵循独立交易原则，尤其是跨境的关联方之间的股权转让，更是税务机关的稽查重点。Alipay和浙江阿里巴巴之间无论是之前的协议控制时期，还是目前，由于马云身兼两家公司的股东，两间公司无疑为关联方。这种跨境的关联方之间的低价股权转让无疑将使Alipay承担巨大的税务风险。

虽然人人皆知支付宝的价值远远不止目前的转让价格（3.3亿元），然而对于支付宝究竟价值几何，却没人能说的清楚。马云与软银和雅虎的补偿谈判还在继续中，三方最终必将达成一个补偿方案，届时支付宝的价值将得到明确。而这种事后的补偿，在税务机关看来，无疑是整个股权转让的延续，前期的3.3亿元只是第一步骤的价格，加上最终补偿方案中的金额才是最终支付宝此次股权转让的真正作价。由此而来的巨额税务成本也必将反映在补偿方案中，从而进一步加大马云此次的股权收购成本。

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