紫水晶因其产地、成色的不同会展现出不同深浅层次的紫色，所以天然紫水晶的紫色从最浅的淡紫到非常浓艳的深紫都有。天然形成的紫水晶因其自然界的影响，有时会在不同的珠子上甚至是同一颗珠子上出现颜色不均匀的现象，若是人工合成的紫水晶，其颜色非常的均匀，而且非常的完美，当然，在自然界中也有颜色非常均匀的极品的紫水晶。

天然形成的紫水晶往往会展现出色带，而若是人工合成的紫水晶则不会有色带出现。仔细的观察一条天然的紫水晶手链晶体通透、裂缝很少，但是仍可以看到明显的色带。合成的紫水晶便没有这种特点，而且合成的紫水晶颜色非常的单一，不灵活。

天然紫水晶放在手心会给人一种冰凉的感觉，若是佩戴在身上，天然紫水晶的温度会随着体温而慢慢升高，最终能够保持和人体一样的温度。但是合成的紫水晶便不同了，合成的紫水晶放在手心，虽然刚开始的时候会有种冰凉之感，但是佩戴在身上一段时间后会感觉比体温还高，所以这种鉴别是最简单的方法，尤其是玻璃做成的紫水晶最容易鉴别。

紫水晶和其他水晶一样，晶体内部常常会含有裂缝、花絮或者其他矿物质的包裹体，但是合成的紫水晶晶体内部会出现很多气泡，一般合成紫水晶的材料为玻璃，所以如果不清楚气泡的形状，可以看下玻璃杯，就会发现玻璃杯中常常会有气泡。

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