药师玛瑙珠过去是一种吉祥物而且具有贸易珠及避邪作用的功能。由于外形呈圆形，很适宜用来当念珠使用，尤其是佛教弟子以药师珠来修持药师法门，更可达到心神合一的效果，吉祥如意，所求愿满。但要注意的是，药师珠串成项链或手链使用时，最好在中间放置软质的隔珠，以免磨损。

另外说法此类珠子是药师佛手执之念珠,药师珠代表药师佛的佛眼庇佑。因药师佛修法选用此珠，故而得名。可当做念珠使用，尤其在修药师法门时使用，在藏传佛教的宗教用品中有着重要得地位，深受信徒与收藏家得青睐，在古老得藏医学中，品质上乘得药师珠还可以做入药之用。老藏医认为借助一些大自然神秘得力量可以达到驱邪避讳得作用。药师佛手持之念珠，让人少烦恼,增福寿、解除烦忧、消除恶气、平安顺心,增福增寿，具有财源广进事业顺利平安吉祥健康的意义，适合各种生相大德。药师佛又叫做药师如来、大医王佛、十二愿王。为东方净琉璃世界之教主等称号。据《药师琉璃如来本愿功德经》载，日光遍照菩萨与月光遍照菩萨同为药师佛的二大胁士。月光菩萨和日光菩萨同为无量无数菩萨众之上首，依次递补佛位，悉能持药师如来之正法宝藏。

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