基本医疗保险基金结余是指基本医疗保险基金全部收入减去全部支出后的余额，包括基本医疗保险统筹基金结余、医疗保险个人账户基金结余。

基本医疗保险基金结余的核算主要是做好期末基金的结账工作。即将基本医疗保险基金的收入类和支出类账户的余额分别结转到“基本医疗保险统筹基金”“医疗保险个人账户基金”账户，将其中收入类余额账户转入“基本医疗保险统筹基金”、“医疗保险个人账户基金”账户的贷方，将支出类余额账户转入“基本医疗保险统筹基金”、；“医疗保险个人账户基金”账户的借方，结平各收支类账户。结转后，“基本医疗保险统筹基金”、“医疗保险个人账户基金”账户如为贷方余额即为基本医疗保险基金结余，如为借方余额即为基本医疗保险基金超支。

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